Gården er dannet ved sammenlægning af flere mindre ejendomme ved udskiftningen i 1787 og årene derefter.
Således var den oprindelige Stokkebjerggård tidligere beskreveet som en gård i Bråde. Denne blev ved udskiftningen flyrtet ud på Bråde Overdrev - og omkring 1811 lagt sammen med flere tidligere gårde i Hølkerup (bl.a. matr. 3b). Den samlede ejendom overtager navnet Stokkebjerggård.
Gården nuværende bygninger er fra 1912. I 1970 blev der bygget nyt stuehus.
